Criado pela Portaria n.º 495/95, de 24 de maio, a Escola Básica Integrada Gualdim Pais surgiu da necessidade de reordenar a Rede Escolar, que exigiu ao Estado português a criação de um conjunto de escolas com a «densidade e dimensão ajustadas às características regionais, de molde a satisfazer as necessidades verificadas». Deste modo, esta Portaria cria a Escola do 1.º, 2.º e 3.º Ciclos do Ensino Básico de Pombal, de código A 85 U Pombal, com capacidade para 25 Turmas. Numa primeira etapa, no ano letivo de 1995/96, a escola funcionou com 15 turmas dos 2.º e 3.º Ciclos, com um quadro de cerca de 25 professores e 10 auxiliares de ação educativa. Adotou como patrono o Mestre Gualdim Pais, passando a ser denominada Escola 1,2,3 de Gualdim Pais. O ano letivo de 1996/97 caraterizou-se pelo início do funcionamento de turmas do 1.º Ciclo, passando assim a ser denominada como Escola Básica Integrada Gualdim Pais. Em 11 de junho de 1999, por despacho do Secretário de Estado da Administração Escolar, foi homologada a proposta de Agrupamento Vertical de Escolas de Pombal, o primeiro a ser criado no concelho de Pombal. No ano letivo de 2009-2010, após a extinção do Agrupamento Conde Castelo Melhor, o Agrupamento integrou mais de 800 crianças e alunos do 1.º ciclo, bem como mais 6 juntas de freguesia que pertenciam àquela unidade de gestão, o que veio a constituir–se como um enorme desafio, nomeadamente no que se refere ao processo unificador e integrador que teve de se desenvolver. Atualmente, o agrupamento designa-se por Agrupamento de Escolas Gualdim Pais, sendo constituído pela Escola Básica Integrada Gualdim Pais, que funciona como Escola sede do Agrupamento, e mais 15 estabelecimentos de educação e de ensino, distribuídos por 7 freguesias: Carnide, Meirinhas, Vermoil, Pombal, Santiago de Litém, São Simão de Litém e Albergaria dos Doze, todas pertencentes ao concelho de Pombal.